E' passato un po' di tempo dalla morte di Andy. Piper decide di aprire un locale e cerca un prestito dalla banca, Prue si butta a capofitto nel lavoro alla Buckland per non pensare ad Andy e Phoebe è ancora disoccupata. E' il 1° anniversario dei loro poteri e le sorelle devono affrontare un potente demone, Abraxas, che vive in una dimensione parallela nella soffitta delle Halliwell e che ruba loro il Libro delle Ombre. Con esso fa ritornare alcuni vecchi nemici delle sorelle, Jeremy, l'Uomo Nero e Nicholas, dissolvendo i precedenti incantesimi delle streghe. Il potere del Trio potrebbe distruggere Abraxas ma Prue è ancora sotto shock. le sorelle useranno il "potere unico" che la voce di Penny esortava ad usare, per eliminarlo. Prue e Phoebe fanno un'ipoteca sulla casa per far avere a Piper i soldi necessari per aprire il nuovo locale, dopo che la banca le aveva negato il prestito. Le sorelle conoscono il loro nuovo vicino, Dan Gordon, che si è appena trasferito a San Francisco con la giovane Jenny, figlia di sua sorella, che starà con lui alcuni mesi per la scuola.

Phoebe ha una premonizione di se stessa bruciata viva nell'anno 2009, le sorelle viaggiano nel futuro per capire cosa è successo e salvarla. Una volta li, le tre si ritrovano nei loro corpi fututi e scoprono che i loro poteri sono aumentati. Piper è sposata e separata da Leo e ha avuto una bambina, Melinda, Prue si è dedicata solo al lavoro e ha fatto fortuna ma è rimasta sola, Phoebe ha usato i suoi poteri per uccidere un giocatore, Cal Greene, che aveva assassinato un suo amico ed è stata poi rinchiusa in carcere accusata di stregoneria dal Procuratore Distrettuale Nathaniel Pratt. Lui inizia una moderna "caccia alle streghe" a scopo politico. Mentre Prue e Piper cercano di salvare Phoebe sono sorprese e deluse da come si è evoluta la loro vita negli ultimi dieci anni e grazie all'aiuto del Leo del futuro capiranno di aver sbagliato utilizzando i loro poteri a fini personali...

Una donna si vuole liberare di uno strano dipinto portato alla Buckland,e Prue trova delle parole misteriose sulla tela, le pronuncia e scatena involontariamente un incantesimo che la manda dentro il quadro. Li dentro trova un uomo che è prigioniero nel dipinto da 70 annie che in realtà è uno stregone. Nel frattempo, Phoebe cerca di migliorare la sua intelligenza con un incantesimo che dura solo 24 ore per competere con altri aspiranti ad un lavoro, tutto per guadagnare del denaro in più necessario a far riparare l'auto di Prue che aveva danneggiato. Per errore Piper pronuncia la formula e finisce anche lei nel quadro. Finito l'incantesimo Phoebe deve usare la sua intelligenza per trovare e liberare le sorelle. Ci riesce e sconfigge lo stregone che era dentro il quadro con Prue e Piper

Gli affari al nuovo locale di Piper chiamato "P3", cominciano non molto bene. Dopo che Piper ingaggia la band musicale Dishwalla per suonare al club (grazie ad un incantesimo di Leo), il P3 ottiene successo ma alcune fans spariscono durante gli spettacoli della band. La colpa è di un demone che ha un accordo con l'agente del gruppo. Leo salva la situazione con un incantesimo per il demone e il gruppo. Piper inizia a frequentare il nuovo vicino.......

Un'ondata di caldo scende su San Francisco, e Phoebe comincia a fare sogni erotici che si concludono tutti con la morte degli amanti. Morris chiede aiuto a Prue per scoprire l'assassino degli omicidi di quattro uomini che in comune avevano l'appartenenza alla stessa agenzia matrimoniale, la "Fine Romance". Phoebe teme di essere l'assassina che è in realtà un demone,l'Invasata, la quale si nutre di testosterone maschile. Prue fa un incantesimo con il fuoco seguendo le indicazioni del libro delle ombre, per attirare e distruggere l'Invasata. L'incantesimo però trasforma Prue in un uomo! eresterà tale finché l'Invasata non sarà sconfitta. Prue e diventa socio dell'agenzia matrimoniale e si fa chiamare Manny Hanks. Mentre Phoebe salva una potenziale vittima, il dott. Owen Grant, grazie al suo collegamento telepatico con l'Invasata, quest'ultima focalizza la sua attenzione su Prue(uomo). Alla fine Prue torna donna dopo aver attirato l'Invasata e averla distrutta respingendo le sue avances e invita ad uscire il suo collega Alan Stanton al quale era interessata. Piper, grazie ad un video dell'agenzia scopre di essere innamorata del suo vicino Dan e ingaggia i Cranberries (che suonano "Just my imagination") per suonare nel suo locale per beneficenza.

Tuatha,una strega cattiva, che può distruggere le streghe buone utilizzando cuori umani, viene accidentalmente liberata dalla caverna in cui è stata sepolta da duecento anni. Leo dice alle Halliwell che solo l'Eletto, un giovane chiamato Kyle è in grado di distruggere Tuatha usando la sua stessa bacchetta magica, per il bene e non per il male. Prue ha uno scontro con Jack Sheridan, che è interessato a comprare la stessa bacchetta magica, e poi i due cenano insieme. Kyle è molto impaurito, e solo grazie alle sorelle Halliwell e a Jenny acquisterà il coraggio necessario per distruggere Tuatha. Piper deve decidere se continuare a vedere Leo o cominciare una storia con Dan e alla fine sceglie quest'ultimo...

Prue, Piper e Phoebe devono aiutare Eric, un giovane studioso, che è riuscito a scoprire un difficile codice per localizzare i registri Akashic, che secondo un'antica leggenda contengono tutti gli eventi significativi del futuro. Il gruppo di stregoni, "i Collezionisti", usa i cervelli umani per acquisire conoscenze. Le sorelle devono proteggere Eric e suo padre Ben, rapito dagli stregoni. Alla fine riescono a liberarlo, e Phoebe si prende una cotta per il ragazzo. Intanto, le sorelle preoccupate per il fatto che gli uomini a cui loro sono interessate, Jack e Dan, possano in realtà essere degli stregoni, Prue e Piper pronunciano un incantesimo per leggere nella mente. Jack convince il suo fratello gemello Jeff, titolare di un'agenzia di pompe funebri, a fingersi lui per un giorno per testare i sentimenti di Prue, e Prue è molto sorpresa dato che lo credeva uno stregone dopo aver letto nei suoi pensieri. Piper si fida di Dan e continua la sua relazione con lui...

Il demone acquatico responsabile della morte di Patty, ha ripreso a risucchiare la gente in fondo al lago. Le sorelle poi scoprono che Patty e il suo angelo bianco erano innamorati. Sam, era lì impotente di fronte al demone e non è riuscito a salvarla. Dopo la morte della sig.ra Johnson, gestore del campeggio con l'aiuto di Leo e di Sam, le sorelle Halliwell devono annientare il demone per evitare di venire a loro volta uccise. Alla fine è proprio grazie a Sam che il demone acquatico viene fulminato con i cavi elettrici, come voleva fare Patty anni prima, ma facendo ciò Sam muore per salvare Prue e si ricongiunge nell'aldilà con Patty. Dopo aver saputo la vicenda di Sam e Patty, Leo dice a Piper di essere ancora innamorato di lei, e capisce di non poter più svolgere bene il suo lavoro. Jack, collega di Prue alla Buckland, sembra voler fregare a Prue dei clienti, ma in realtà le fa concludere un accordo con il signor Fujimoto.

Le Halliwell sono l'obiettivo di una assassina Miss Hellfire, che viene però uccisa da Prue che gli ribalta contro i proiettili. le 3 ritrovano l'agenda della killer in cui sono scritti i loro nomi ed alcuni indirizzi. Prue spacciandosi per la killer, cerca di scoprire in incognito chi è il mandante e flirta con il criminale Bane Jessup, il mandante della missione. Prue si ritroverà faccia a faccia con una vecchia conoscenza, il demone Barbas, che però non riuscirà nell'impresa di distruggere le sorelle. Bane viene arrestato. L'ispettore Morris viene a conoscenza del segreto delle Halliwell quando Phoebe per salvare Marcy una strega nella lista nera del demone usa i suoi poteri. Dan propone a Piper di andare a convivere, ma per lei è ancora troppo presto.

Drozzee, il demone dell'odio, decide di distruggere Cupido e tutte le sue recenti unioni d'amore. Inizia col far litigare una giovane coppia che Cupido aveva appena unito, ed ogni coppia distrutta era una ferita al cuore di Cupido. Quest'ultimo chiede aiuto alle sorelle Halliwell andando da Phoebe. e ne approfitta per farle capire che ha chiuso il suo cuore all'amore. Le sorelle, anche grazie al nuovo potere di Prue, pensano di averlo sconfitto, ma Drozzee torna e fa litigare Piper con Dan e Prue con Jack. Soltanto grazie a Phoebe, aiutata da Cupido, la situazione si sistema e Drozzee viene sconfitto.

Morris affida a Phoebe per 24 ore un bambino all'apparenza abbandonato, così che le tre sorelle possano proteggerlo dal terribile fantasma che Phoebe ha visto in una premonizione. Le sorelle scoprono che non sono pratiche nel badare ad un bambino non quanto Dan!!! Quando Prue e Piper scoprono che il bambino è stato abbandonato dalla sua ricchissima famiglia e che il padre del piccolo Matthew è morto da poco misteriosamente in un incidente stradale, le sorelle indagano e trovano la nonna del piccolo, Martha Van Lewen,e cercano di convincerla a spiegargli perchè il fantasma uccideva tutti gli uomini della sua famiglia. Le sorelle scoprono che l'autista di casa Van Lewen è stato ucciso da Martha perché follemente innamorato di lei ed il fantasma è rimasto nella villa per vendicarsi. Martha decide di sacrificare la sua stessa vita per salvare il nipote gettandosi dal 1° piano... Intanto, Jack cerca diconquistare Prue.

Piper, viene punta da un insetto di una frutta importata illegalmente nella città e nel P3 e contrae una malattia misteriosa e mortale al sangue. Il dottor Williamson e lo staff dell'ospedale non riescono a curarla e Prue e Phoebe fanno a Piper un incantesimo del risveglio, usando un fantoccio a cui trasferiscono la malattia, ma questo assorbe il virus e diffonde la malattia ad altri pazienti dell'ospedale. In ospedale viene allora dichiarata la quarantena e le tre sorelle vengono messe in isolamento per analizzarle. Per salvare le vite innocenti, Piper fa annullare l'incantesimo ricadendo in coma e muore e Leo la salva infrangendo le regole. Leo per questo perde i poteri di angelo bianco. Prue decide di licenziarsi dalla Buckland. Phoebe inizia l'università...

Nel giorno di San Valentino, Phoebe per gioco corregge una formula magica alle ragazze nel suo gruppo di studio, Andrea, Tessa e Brooke. Le 3 volevano conquistare tre ragazzi per una serata romantica, ma l'incantesimo (pronunciato dalla voce di Phoebe registrata a sua insaputa) trasforma tre simpatici animali (un maiale, un coniglio ed un serpente) in tre uomini la cui natura animale violenta non tarda ad emergere. Appena i tre scoprono che l'incantesimo dura solo 24 ore,cercano Phoebe per poter prolungare a vita l'effetto della formula. Il serpente e il coniglio uccidono il maiale e imprigionano Andrea e Brooke avvelenandole poi si recano al "P3" per trovare Phoebe. Mentre la cantante Janice Robinson si esibisce al club Phoebe accidentalmente trasforma i presenti in animali con una formula per liberarsi dei 3 ma fortunatamente alla fine tutto si risolve. Prue cerca di abituarsi al suo nuovo stile di vita da disoccupata, mentre la cena di San Valentino di Piper e Dan è "disturbata" dalla presenza di Leo, che lavora al locale. Piper esce con Dan ma si commuove per la cartolina che Leo le ha dato in cui le confessa il suo amore.

Una delle vite passate di Phoebe torna per perseguitarla cosi lei viene a sapere che nel 1924 lei stessa era una strega cattiva che sedotta da Anton, uno stregone tenta di rubare i poteri alle sue cugine (le vite precedenti di Prue e Piper) per poi ucciderle. Phoebe scopre ben presto che la morte nella sua vita passata porterà alla sua morte nel presente, se lei non riesce ad evitare che le cugine la uccidano nel passato. Le sorelle vanno anche dall'ormai anziana Christina Larson, che aveva vissuto in quel periodo ed era molto giovane e dunque aveva visto tutta la scena in cui Phoebe veniva uccisa ma la signora non ricorda più...... Con un incantesimo Phoebe torna più volte nel passato e scopre che per impedire la sua morte nel presente deve ritrovare il talismano che Anton aveva dato alla Phoebe del passato per proteggersi dai poteri delle streghe buone. Phoebe usa un incantesimo per scambiarsi di posto con la Phoebe del passato, mentre Anton nel presente continua nel suo tentativo di rubare i poteri alle 3 sorelle. Piper scopre che nella sua vita precedente aveva avuto una storia con Leo ma poi si era sposata con Dan. Per fortuna Prue e Piper nel presente riescono a riavere l'amuleto custodito da Anton e lo rimettono a Phoebe appena in tempo per salvarla.

Il demone Litvack ordina ad altri demoni inferiori di uccidere bane Jessup, colui che per volere di un'altro demone tempo addietro aveva assoldato una killer per uccidere le 3 sorelle. Bane accortosi del pericolo rapisce Prue per farsi proteggere ma fatica a convincerla della sua buona fede. Intanto Phoebe per aiutare Piper a capire chi ama davvero tra Dan e Leo fa un incantesimo affinchè arrivino dei "segni" dalle circostanze che la "indirizzino" verso la scelta giusta, però l'incantesimo non ha gli effeti sperati...... Prue alla fine si convince della buona fede di Bane anche perchè attratta da lui e deve poi convincere le sorelle a fidarsi a loro volta. Per proteggerlo devono affidarsi a un piano di Bane.......

Prue al suo primo incarico come fotografa per ottenere un posto di lavoro, deve fotografare Maggie Murphy donna particolarmente sfortunata. Per aiutarla le fa un incantesimo che però sposta la sfortuna su di se. Dietro alla sfortuna della ragazza c'è un angelo nero che la vuole ucidere (spingendola al suicidio) inquanto potenziale futuro angelo bianco. Le sorelle e Leo dovranno faticare molto per salvare Prue dallo stesso destino che minacciava Maggie.......

Una vecchia amica della nonna delle Halliwell riappare sulla scena improvvisamente con la scusa di chiedere loro aiuto per delle tombe aperte e dei cadaveri privati della pelle. Le sorelle ignare del fatto che Gail affettuosamente chiamata "zia" dalle sorelle, in realtà vuole i loro poteri per avere in cambio dal demone Cryto l'eterna giovinezza perchè malata. Gail riesce a togliere loro i poteri con un incantesimo rubato dal libro delle ombre e cryto entra in possesso dei loro poteri...ma fortunatamente non li sa usare ed è su questo che le sorelle si basano per sconfiggerlo. Ma per Gail e le sue amiche Helen e Amanda non ci sono speranze.....

Il demone dell'illusione che opera suggestionando la gente tramite le pellicole dei film Horror scopre dio poter uscire dalla pellicola e far uscire anche gkli altri personaggi dei film horror e li libera per far uccidere le 3 sorelle. Ma ad uscire dalla pellicola è anche Billy Appleby un personaggio di cui Phoebe è innamorata....... Insieme a lui le Halliwell dovranno combattere contro i vari killer usciti dalle pellicole horror per distruggere infine il demone dell'illusione. in contemporanea prue si trova a dover fotografare per lavoro il suo "idolo" il fotografo Finley Beck...ma scopre che questi è diverso da come se lo immaginava....

Phoebe si trova ad aiutare il fantasma di Charline una sua collega di università assassinata dal demone Libris che voleva impedirle di pubblicare la sua tesi sulla comprovata esistenza dei demoni. Ma la ragazza all'inizio non si rendeva conto d'esser morta......... Alla fine riescono a sconfiggere il demone grazie a Phoebe, ma Charline ancora non riesce a trapassare all'altro mondo e si scopre che per farlo forse doveva ancora fare qualcosa.... Prue che cercava già da giorni di aiutare il sign. Wilson conosciuto per caso per strada durante un'escursione di lavoro, spera che l'aiuto di Charline che l'avrebbe mandata all'aldilà poteva essere proprio quello di aiutare il signor Wilson che era disperatamente in cerca di prove che "inchiodassero" il vero assassino di sua figlia che nessuno aveva il coraggio di accusare.... ed infatti grazie a Charline che da fantasma lo spaventa il tizio confessa l'omicidio.